El territorio de la Argentina incluye una gran variedad de biomas y biotopos, debido a su extensión y las variedades climáticascondicionadas por factores tan diversos como la latitud, altitudes, condiciones edafológicas, etc. Esta variedad tiene como consecuencia una importante diversidad en la fauna autóctona.

Para entender la existencia de las especies animales es menester entender cómo es la red trófica de cada ecosistema y dentro de ella, la de cada biotopo, pero en el caso de Argentina una explicación en detalle resulta casi imposible precisamente debido a la gran diversidad ecológica ya señalada.

Buena parte de la fauna de mamíferos argentinos llegaron hace miles o millones de años desde América del Norte; siendo relativamente pocos los que procediendo del antiguo megacontinente de Gondwana han sobrevivido hasta el presente. Entre estos últimos, los más destacados son los armadillos, osos hormigueros, y marsupiales como las zarigüeyas, el monito del monte o la comadreja colorada y primates (todos platirrinos).
De este modo el territorio argentino (como el de todo el Cono Sur) es señalado como parte de la región faunística y la ecozonaneotropical, el clima templado y frío de gran parte del territorio han generado endemismos y evoluciones convergentes y han permitido rápidas aclimataciones de especies provenientes de la región holártica, ya sea de las debidas desde hace ca 9 millones de años por el Gran Intercambio Americano o a las producidas hace medio milenio y hasta el presente.

fauna autoctona

Luego de un intenso trabajo de rehabilitación, el Ministerio de Medio Ambiente, Campo y Producción devolvió las aves a su hábitat natural. Representantes de Aves Argentinas, del COA de Merlo y de Fauna de Mendoza, también, participaron de la liberación.

Así lo determinó el Ministerio de Medio Ambiente, Campo y Producción, basándose en la Ley Provincial Nº IX-0317-2004 de Conservación de fauna, caza y pesca. El delito se cometió en julio pasado, al sur de la localidad de Fraga.

Fue en el camino que une Tilisarao con San Pablo; los vecinos de la zona hicieron la denuncia. El animal fue entregado a la cartera medioambiental y ya se encuentra en el Centro de Conservación de Vida Silvestre.

Un estudio promovido por la Fundación Azara de la Universidad Maimónides, a cargo del reconocido naturalista argentino Juan Carlos Chebez analizó 192 especies de vertebrados que se encuentran en peligro de extinción.

El sondeo, que analizó 59 especies de mamíferos, 98 de aves, 28 de reptiles y 7 de anfibios, determinó que 32 de todas ellas se encuentran en "peligro ´crítico". A su vez, 18 sufren un riesgo mayor, ya que no existen reservas que las protejan.

Además, el relevamiento concluyó que Buenos Aires, Misiones y Salta son las tres provincias que concentran mayor cantidad de especies amenazadas, mientras San Luis es la que menos tiene.

La Selva Misionera es, de las 17 ecoregiones argentinas, es la que aloja más vertebrados en riesgo, con un total de 50 especies. La siguen el Mar Argentino, las Islas del Atlántico Sur y la Antártida Argentina, como consecuencia  del incremento de aves marinas en los últimos años.

El informe de la Fundación Azara menciona, entre las especies amenazadas, la ranita de Laguna Blanca, el lagarto de cobre, la culebra rosada, el pato serrucho, aguilucho blanco y mamíferos como el tatú carreta, el yaguareté, el venado de las pampas y la chinchilla grande, entre otros.

A su vez, el estudio observa que las causas principales de la amenaza son el desmonte indiscriminado para los monocultivos o la ganadería intensiva. Estos generan modificaciones en el hábitat y, como consecuencia, la competencia o predación de especies por la introducción de fauna exótica.

A pesar de la aridez de la geografía de San Luis el catálogo faunístico es sumamente abundante.
Entre los mamíferos más conocidos de la zona encontramos pumas, gatos monteses, zorros grises, vizcachas, pecaries de collar, guanacos y los últimos venados de las pampas. La mara o liebre patagónica y el conejo de los palos, también pueden ser vistos. El venado (Ozotoceros bezoarticus), fue muy abundante en otras épocas, hoy escasea por lo que es indispensable la concreción del proyecto de parque nacional los venados, el cual se propone preservar tanto a la especie que le da nombre como al último remanente de pastizales sin arar de las pampas secas.
En la provincia, las Aves existen en gran variedad y abundancia de especies de todos los tamaños y colores en las cuales las más características de la zona son los Teros, el Cardenal amarillo y Común, la Reinamora Grande, El Rey del Bosque y las catitas de las sierras, cotorras, entre otras. También pepiteros, monteritas y una gran variedad de pequeñas aves. El elenco avifaunístico se completa con el ñandú, el halconcito gris, las Águilas, el jilguero, el zorzal, las Calandrias, el hornero, el cóndor andino, entre las más famosas de la zona.
Los anfibios son muy escasos y pasan la época de sequía enterrados o en forma de renacuajos, en pequeños charcos protegidos del sol. Las lagartijas son los reptiles más comunes. Y la boa de las vizcacheras es buscada por su bella piel, aunque ya es rara y está amenazada. Se encuentran numerosas aves acuáticas, entre las que se destaca el flamenco común. También están presentes en los espejos de agua el pejerrey, la trucha o la perca criolla y la carpa europea, esta última fue introducida en embalses y afluentes de la zona.

      

Algunos animales que habitan en San Luis son considerados plagas, Entre ellos se encuentran la comadreja overa y la vizcacha, cuya población es excesiva; arruinan sembrados y matan a otros animales y aves de corral.

Los profesionales del Área Flora y Fauna del Ministerio de Medio Ambiente vuelven a las aulas, pero esta vez desde el otro lado, ya no como alumnos, sino como docentes. Visitan diferentes escuelas de la provincia para explicarles a los chicos la variada flora y fauna autóctona con la que cuenta la región y el rol en el equilibrio de los ecosistemas que cumple cada especie.

En la región de las sierras se pueden encontrar especies como:

víbora de cascabel, halcón, calandria, liebre, gato montés, tejón y zorrillo. En la selva húmeda: iguana, jabalí, tepezcuintle, zorra, rana arborícola y salamandra. En los bosques de coníferas y encinos: cacomixtle, ardilla voladora, cotorra serrana. Animales en peligro de extinción: perrito de la pradera, águila, armadillo, venado y tigrillo.

En la región de las Sierras se pueden encontrar especies como el puma, el gato de las salinas, el zorro, la mara y la vizcacha. Abundan los reptiles como lampalaguas, serpientes, culebras, lagartos colorados y lagartijas. Entre las aves más características se encuentran el halcón, el carancho, el jote, la lechuza, el loro barranquero, la perdiz, el gallito copetón y el zorzal colorado. En diques, lagos y lagunas naturales hay carpas, truchas y pejerreyes. 

También la fauna autóctona está en riesgo de extinción, como el venado de las pampas. En el Parque Nacional Sierra de las Quijadas también se encuentran la tortuga de tierra argentina, la boa de las vizcacheras, el halcón peregrino, el guanaco y los zorros colorados, gris y pampa.

En San Luis existe una ley que prohíbe la modificación del hábitat original del venado de las pampas para protegerlo y preservar, al mismo tiempo, lo que queda del pastizal pampeano original en las zonas centro y sur de la provincia. 

También se ha declarado Parque Nacional a los Palmares de Papagayos, en el noreste, y en la Florida se ha creado una reserva floro-faunística donde se protegen ejemplares en peligro.